يُعتبر ختان الذكور من أقدم الإجراءات الجراحية التي تُمارس على مستوى العالم، وله جذور عميقة في الثقافات الشرقية، حيث يرتبط في المقام الأول بالدين والعادات الثقافية وعلى الرغم من أن هذه الممارسة تعود إلى آلاف السنين، فإن أصولها الدقيقة لا تزال غير محددة بدقة.
تشير الأدلة التاريخية إلى أن ختان الذكور قد نشأ في مصر القديمة منذ حوالي 15,000 عام، وتنتشر ممارسته على نطاق واسع في مختلف أنحاء العالم بفضل الهجرات البشرية خلال عصور ما قبل التاريخ وتوفر المومياوات المصرية والمنحوتات الجدارية المكتشفة في القرن التاسع عشر أدلة على ممارسة الختان منذ 6000 عام قبل الميلاد على الأقل ومع ذلك، يعتقد بعض الباحثين أن هذه الممارسة قد تطورت بشكل مستقل في ثقافات متعددة.
تشير الأدلة من مقبرة عنخ ماحور في سقارة، والتي تعود إلى المملكة القديمة، الأسرة السادسة، عهد الملك تيتي (حوالي 2345-2333 قبل الميلاد)، إلى أن الختان كان جزءًا من طقوس قديمة تعود إلى تلك الفترة، تُظهر الجدارية عملية الختان بوضوح، حيث يقوم كهنة الجنائز بإجراء الطقوس باستخدام سكاكين الصوان.
استُخدم الختان في مختلف الثقافات لأغراض متعددة؛ ففي بعض الأحيان كان يُمارس كطقوس مرور إلى الرجولة، بينما اعتبرته ثقافات أخرى علامة على النظافة والنقاء أو رمزًا للهوية الثقافية وفي أواخر القرن التاسع عشر، تطورت ممارسة الختان إلى إجراء طبي روتيني، حيث ارتبط بعلاج مجموعة واسعة من الأمراض والمشكلات الصحية.
على الرغم من انتشاره الواسع في مصر القديمة، لا توجد دلائل على أن الختان كان ممارسة شاملة لجميع الذكور المصريين، أو أنه كان يميز بين الطبقات الاجتماعية كما لا يوجد دليل على ممارسة ختان الإناث في مصر القديمة.
ومع مرور الوقت، انتقلت ممارسة ختان الذكور من مصر إلى اليهودية، حيث أصبحت جزءًا من الطقوس الدينية اليهودية. في المقابل، كان الإغريق يعتبرون الختان غير مرغوب فيه، حيث ركز الفن اليوناني على الحفاظ على الشكل البشري الطبيعي، بما في ذلك القلفة، ونتيجة لنفوذ الثقافة اليونانية، أصبح الختان أقل شيوعًا في العالم القديم.
بحلول عصر الإمبراطورية الرومانية، فرضت السلطات الرومانية قوانين حظر الختان، وظلت هذه الممارسة مقتصرة على مجموعات معينة، أبرزها اليهود وعلى الرغم من أن المسيحية تبنت في البداية ممارسة الختان، إلا أنها تراجعت مع مرور الوقت واعتبرت غير ضرورية مع تطور الممارسات المسيحية.