تلعب الأمطار دورا رئيسيا في التأثير على منطقة حوض النيل، إلا أن علاقتها بسد النهضة تثير العديد من التحديات الجيولوجية والبيئية وفقا للدكتور تحسين شعلة، فإن الأمطار الغزيرة المتوقعة في مناطق شمال إفريقيا والقرن الإفريقي، لا سيما في إثيوبيا والسودان وكينيا، قد تؤدي إلى نتائج كارثية على البنية التحتية، بما في ذلك سد النهضة ويعتقد أن الفيضانات والسيول العنيفة قد تشكل ضغطا هائلا على السد، مما يزيد من احتمالية حدوث تصدعات أو حتى انهيارات جزئية بالإضافة إلى ذلك، يمكن للأمطار الغزيرة أن تؤدي إلى نشاط زلزالي وبركاني، مما يزيد من المخاطر الجيولوجية التي تهدد استقرار السد وسلامته.
تأثير الأمطار على حصة مصر المائية
على الرغم من هطول الأمطار في بعض المناطق المصرية، أكد الدكتور عباس شراقي، أستاذ الموارد المائية بجامعة القاهرة، أن هذه الكميات لا تحدث فرقا يذكر في حصة مصر من مياه النيل ويرجع ذلك إلى أن معظم المياه التي تغذي نهر النيل تأتي من منابع النهر في إثيوبيا وأوغندا، وليس من الأمطار المحلية في مصر فعلى سبيل المثال، تقدر كمية المياه التي تصل إلى بحيرة ناصر من أمطار جنوب أسوان بحوالي 100 مليون متر مكعب فقط، وهي كمية ضئيلة لا تؤثر بشكل كبير على المخزون المائي لمصر. 
التسريبات المائية من سد النهضة والمخاطر الجيولوجية
واحدة من القضايا المثيرة للجدل بشأن سد النهضة هي التسريبات المائية، حيث تشير التقديرات إلى أن نحو 20 مليار متر مكعب من المياه المخزنة – من إجمالي 64 مليار متر مكعب – تتسرب إلى قاع السد سنويا، خصوصا خلال موسم الأمطار هذه التسريبات تؤدي إلى تغيرات في التربة والصخور المحيطة بالسد، مما قد يؤدي إلى تحركات جيولوجية غير متوقعة ونتيجة لذلك، هناك مخاوف من أن هذه التغيرات قد تحفز نشاطا زلزاليا على المدى الطويل، مما يهدد سلامة السد واستقراره الهيكلي.
خلاصة
تظل الأمطار عنصرا مؤثرا في ديناميكيات حوض النيل، لكنها تمثل أيضا تحديا حقيقيا لسد النهضة، سواء من خلال السيول الجارفة التي قد تؤثر على بنيته، أو من خلال التسريبات التي تهدد استقراره الجيولوجي كما أن تأثير الأمطار على حصة مصر المائية يظل محدودا، مما يعزز من أهمية إدارة الموارد المائية بحذر لمواجهة أي تحديات مستقبلية.